Şamil şeyx seçildiyi 1834-cü ildən 1859-cu ilə qədər Rusiyanın böyüklüyünə və hərbi qüdrətinə baxmayaraq usanmadan müharibəni davam etdirirdi. Özündən əvvəlki 2 imamın dövründə də 10 il müharibədə iştirak etdiyindən bütövlükdə dayanmadan cihad etdiyi müddət tam 35 il olmuşdur. Bu vaxt ərzində Rus ordusuna böyük zərbələr vurmuş, özünün də məhdud olan əsgər qüvvəsi gündən-günə azalmışdı.
Dost ölkələrdən heç bir kömək görməyən Şeyx Şamilin nəhayət əlindəki bütün qüvvə və qaynaqları tükənmişdi. 1859-cu il 6 iyunda Qunipdə General Baryatinskinin idarəsindəki 70.000 nəfərlik rus ordusuna yanında bir neçə yüz adam qalana qədər müqavimət göstərdikdən sonra təslim oldu.
İmam Şamili ailə üzvləri və 40-a qədər adamı ilə Peterburqa Çarın yanına apardılar. O, Rus Çarı II Aleksandr tərəfindən sarayın qapısında böyük hörmətlə qarşılanıb. Şeyx Şamil salona daxil olanda Çar da, onun əyanları da qeyri–ixtiyari ayağa qalxdılar. Çar onun bu qədər hörmət sahibi olmağının səbəblərini soruşanda İmam Şamil dedi:
— Evlənəndə arvadım mənə cox hörmət edirdi. Ona baxıb övladlarım da hörmət etməyə başladılar, onlara da baxıb el–oba hörmət etdi və bunlara baxıb Millətim də məni sevdi.
Çar atası I Nikolaya və onun ordusuna tam 35 il Qafqazı zindan edən zəmanənin bu böyük qəhramanını gördüyü zaman çox təsirləndi, onun saqqalından sevərək öpməkdən özünü saxlaya bilmədi.
10 il sonra Çar onun Həccə getməsinə icazə verdi. Şamil 1870-ci ildə adamları ilə bərabər Rusiyadan çıxaraq İstanbula gəldi. Sultan Əbdüləziz tərəfindən sarayda qarşılanan Şamilin İstanbula gəlməsi xəbəri yayıldığı zaman şəhər bir-birinə qarışmış, xalq bu böyük qəhramanı görmək üçün saray qapısına axışmağa başlamışdı. Şamil arzuladığı son mənzilə vaxtında yetişmək üçün Sultanın məxsusi olaraq ona ayırdığı gəmi ilə yola çıxdı. Ciddə limanında Məkkə əmiri, şəhərin irəli gələnləri və böyük bir izdiham tərəfindən təntənəli mərasimlərlə İmam Şamil qarşılandı və Məkkədə şərəfli şəxslər üçün ayrılan Şürəfa dairəsində qonaq edildi.
Şamil həcc ziyarətini yerinə yetirdikdən sonra Mədinəyə getdi. Mədinədə Şeyx Şamil 4 fevral 1871-ci ildə 74 yaşında dünyasını dəyişdi.